一、纳税申报问题

错报、漏报或延期申报：小微企业在纳税申报过程中，由于专业知识的缺乏或疏忽，容易出现错报、漏报或延期申报的情况。这不仅会导致税务风险，还可能影响企业的正常运营。

发票管理不规范：部分小微企业在发票认知和管理上可能存在纰漏，如虚开发票、发票丢失等问题。这些问题不仅会导致税务风险，还可能引发经营危机。

二、税收政策利用不足

缺乏税务筹划：许多小微企业在税务筹划方面缺乏认识，未能充分利用优惠的税收政策来进行合理的节税。这影响了企业的竞争力，也增加了税务风险。

对税收政策了解不足：小微企业往往对税收政策了解不够深入，导致无法及时享受到税收优惠政策，从而增加了企业的税负。

三、税务合规风险

跨区经营税收风险：小微企业跨区经营时，可能面临不同地区的税收政策差异和税务监管要求，从而增加税务合规风险。

关联交易税务风险：如果小微企业与其关联方之间存在不合理的交易安排，可能引发税务风险。例如，公司经常向自然人股东无偿借款而没有正当理由，就可能存在被税务局进行纳税调整的个人所得税风险。

四、其他税务问题

开票额临界点问题：当小微企业的开票额正好在免征额临界点时，容易引起税务部门的关注。如果企业频繁在免征额临界点附近浮动开票额，可能被视为异常行为。

大量作废发票问题：如果小微企业存在大量作废发票或作废发票异常（如作废普票份数过多、作废金额占比较大等），也可能被视为异常企业并受到税务部门的预警。

应对措施

加强税务培训：小微企业应加强对税务人员的培训，提高他们的专业素养和业务能力，确保准确、及时地进行纳税申报。

完善发票管理制度：建立严格的发票管理制度，防止发票丢失或被滥用。同时，加强对发票的审核和监管，确保发票的真实性和合法性。

积极利用税收优惠政策：小微企业应积极学习和利用国家出台的税收优惠政策，合理避税、减轻税负。同时，加强与税务部门的沟通和联系，及时了解最新的税收政策和法规变化。

加强税务风险管理：小微企业应建立完善的税务风险管理体系，对潜在的税务风险进行识别和评估，并采取相应的措施进行防范和控制。